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该种适应性强，也能侵入农田、果园中。种子具有休眠机制，致密而坚厚的种皮可使胚得到更好的保护。竞争能力强，可严重抑制其他植物生长，常形成大面积单一群落，破坏当地生物多样性。
其属于危害严重的有毒植物，植株有毒，误食后可引起严重的肠炎和出血，果实含有神经毒素茄碱，可致牲畜死亡。全株密被刺毛，可伤害家畜，影响放牧和羊毛产量。同时，该种还是马铃薯甲虫和马铃薯卷叶病毒的野外寄主。
黄花刺茄于2016年12月12日被中华人民共和国生态环境部列为：第四批外来入侵物种名单，外来物种入侵是造成生物多样性下降的直接原因之一，严重危害到中国的生态坏境。
目前，当地正采取人工铲除、机械除根的方式，预计七月末对入侵地段铲除完。但尚不清楚黄花刺茄是何时入侵的。
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